Le 1er juillet 1998, les commissions scolaires Des Ilets, de Charlesbourg, Beauport et Chutes-Montmorency étaient fusionnées pour former la Commission scolaire des Premières-Seigneuries. Cette fusion a été effectuée en lien avec la volonté du gouvernement du Québec de mettre en place des commissions scolaires linguistiques, tout en réduisant le nombre de commissions scolaires.

Depuis cette fusion, près de 30 millions de dollars ont été injectés pour des travaux dans les écoles, des améliorations ont été apportées aux services aux familles et la Fondation des Premières-Seigneuries, pour soutenir la réussite des élèves, a été créée. La Commission scolaire compte aujourd’hui près de 5 200 employés réguliers et occasionnels.